Cosa determina i tassi di mutazione di un particolare ceppo virale?

Di un particolare ceppo? Un “ceppo” è in genere una descrizione più dettagliata di un virus con qualche piccola variazione (ad esempio, ci sono diversi ceppi influenzali ma sono tutti virus influenzali). Dato un tipo di virus, i ceppi tipicamente hanno tutti tassi di mutazione che sono approssimativamente uguali. Detto questo, ampie categorie di virus hanno tassi di mutazione diversi. Ad esempio, i virus del DNA hanno tassi di mutazione molto più bassi rispetto ai virus a RNA (a partire da [math] 10 ^ {- 8} [/ math] mutazioni per bp per generazione per i virus dsDNA e fino a [matematica] 10 ^ {- 4 } [/ math] per i virus RNA).

Mentre il preciso tasso di mutazione sembra essere sotto vincoli selettivi *, in particolare quando i tassi di mutazione sono alti, il ragionamento alla base della differenza tra i tassi di mutazione dell’RNA e del DNA è principalmente biochimico. Le polimerasi virali dell’RNA sono notevolmente più soggette a errore rispetto alle DNA polimerasi.

Le varianti ad alta fedeltà dei virus RNA sono state isolate nei laboratori (non credo che sia mai accaduto nella vita reale), suggerire che l’evoluzione di un tasso di mutazione più basso è almeno possibile, anche se non sembra che accada. Queste varianti sono spesso superate dal virus wild-type, ma proprio perché non è chiaro.

Penso che le pressioni selettive sui tassi di mutazione virale (in particolare quando gioca sul concetto di “robustezza” della popolazione) [1] sia una domanda davvero interessante ma il determinante primario del tasso di mutazione è sicuramente solo il tipo di polimerasi utilizzata.

* Le persone sostengono che alti tassi di mutazione nei virus RNA conferiscono effettivamente un beneficio di fitness rispetto al solo risultato dell’uso di una RNA polimerasi veloce.

Le note

[1] http://www.nature.com/nrmicro/jo…

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